PIT 16-A musi trafić do urzędu skarbowego według miejsca położenia zakładu wskazanego w zgłoszeniu do ewidencji działalności gospodarczej. Jeśli firma nie ma zakładu, deklarację należy złożyć w urzędzie według miejsca zamieszkania przedsiębiorcy lub siedziby spółki. Jeśli natomiast przedsiębiorstwo składa się z kilku zakładów, które podlegają pod różne urzędy skarbowe, PIT-16A składa się w urzędzie według miejsca wskazanego przez przedsiębiorcę jako siedziba działalności. Deklarację można złożyć osobiście, nadać listem poleconym na poczcie lub wysłać drogą elektroniczną. Bezpłatną aplikację, przygotowaną przez Ministerstwo Finansów, można znaleźć na stronie www.e-deklaracje.gov.pl.